PGP имеет ряд параметров, устанавливаемых пользователем, которые могут быть определены в специальном текстовом файле конфигурации с именем "config.txt", в каталоге, на который указывает системная переменная PGPPATH. Наличие файла конфигурации дает возможность пользователю определять в нем различные флажки и параметры для PGP, исключая необходимость каждый раз определять эти параметры в командной строке.
С помощью этих параметров конфигурации, например, вы можете определить, где PGP сохраняет временные рабочие файлы, или вы можете выбирать иностранный язык, который PGP будет использовать для отображения диагностических сообщений и подсказок пользователю, либо можете регулировать уровень скептицизма PGP при определении истинности ключей, который основывается на числе удостоверяющих подписей.